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Les coupes budgétaires en Grande-Bretagne pourraient provoquer une sécheresse des données de Covid-19

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Vendredi, le gouvernement britannique a fermé ou réduit un certain nombre de ses programmes de surveillance Covid-19, réduisant ainsi la collecte de données sur lesquelles les États-Unis et de nombreux autres pays comptaient pour comprendre la menace posée par les variantes émergentes et l’efficacité des vaccins. Le Danemark, lui aussi réputé pour les résultats de ses tests complets, a considérablement réduit ses efforts de suivi des virus au cours des derniers mois.

Alors que de plus en plus de pays assouplissent leurs politiques pour vivre avec le Covid-19 plutôt que de l’éteindre, les experts de la santé craignent que les systèmes de surveillance ne s’affaiblissent, rendant plus difficile la prévision de nouvelles poussées et la compréhension des variantes émergentes.

« Les choses vont devenir plus difficiles maintenant », a déclaré Samuel Scarpino, directeur général de l’Institut de prévention des pandémies de la Fondation Rockefeller. « Et au moment même où les choses deviennent plus difficiles, nous réduisons les systèmes de données ».

Depuis l’apparition de la variante alpha à l’automne 2020, la Grande-Bretagne a fait office de belligérant, en suivant cette variante ainsi que les variantes delta et omicron avant qu’elles n’arrivent aux États-Unis Après un démarrage lent, les efforts de surveillance génomique américains se sont régulièrement améliorés grâce à une modeste augmentation du financement.

« Cela pourrait en fait placer les États-Unis en position de leader », a déclaré Kristian Andersen, expert en virus au Scripps Research Institute de La Jolla, en Californie.

Au début de la pandémie, la Grande-Bretagne était particulièrement bien préparée pour mettre en place un programme de suivi des virus de classe mondiale. Le pays abritait déjà de nombreux experts de l’évolution des virus, il disposait de grands laboratoires prêts à séquencer les gènes viraux, et il pouvait relier ce séquençage aux dossiers électroniques de son service national de santé.

En mars 2020, des chercheurs britanniques ont créé un consortium pour séquencer autant de génomes viraux qu’ils pouvaient mettre la main dessus. Certains échantillons provenaient de tests que les gens faisaient lorsqu’ils se sentaient malades, d’autres venaient des hôpitaux et d’autres encore d’enquêtes nationales.

Cette dernière catégorie était particulièrement importante, selon les experts. En testant des centaines de milliers de personnes au hasard chaque mois, les chercheurs pouvaient détecter de nouvelles variantes et épidémies chez des personnes qui ne se savaient même pas malades, plutôt que d’attendre que les tests arrivent des cliniques ou des hôpitaux.

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« Le test communautaire a été l’indicateur le plus rapide des changements dans l’épidémie, et il a également été l’indicateur le plus rapide de l’apparition de nouvelles variantes », a déclaré Christophe Fraser, chercheur en santé publique à l’Université d’Oxford. « C’est vraiment l’outil clé ».

Fin 2020, la Grande-Bretagne effectuait le séquençage génomique de milliers d’échantillons de virus par semaine provenant d’enquêtes et de tests, alimentant les bases de données en ligne avec plus de la moitié des génomes de coronavirus du monde. En décembre de cette année-là, ces données ont permis aux chercheurs d’identifier alpha, la première variante du coronavirus, dans une épidémie survenue dans le sud-est de l’Angleterre.

Quelques autres pays se sont distingués par leurs efforts pour suivre l’évolution du virus. Le Danemark a mis en place un système ambitieux de séquençage de la plupart de ses tests positifs au coronavirus. Israël a combiné le suivi viral avec une vaccination agressive, produisant rapidement des preuves l’été dernier que les vaccins devenaient moins efficaces – des données sur lesquelles les autres pays se sont appuyés pour décider d’approuver les rappels.

Mais la Grande-Bretagne est restée exemplaire, non seulement en ce qui concerne le séquençage des génomes viraux, mais aussi en ce qui concerne la combinaison de ces informations avec les dossiers médicaux et la recherche sur la santé publique, afin de donner un sens aux variantes.

« Le Royaume-Uni s’est vraiment préparé à fournir des informations au monde entier », a déclaré Jeffrey Barrett, ancien directeur de l’initiative génomique COVID-19 au Wellcome Sanger Institute en Grande-Bretagne.

Ces dernières semaines déjà, les systèmes de surveillance britanniques donnaient au monde entier des informations cruciales sur la sous-variante BA.2 de l’omicron. Les chercheurs britanniques ont établi que cette variante ne présente pas un plus grand risque d’hospitalisation que les autres formes d’omicron mais qu’elle est plus transmissible.

Vendredi, deux des enquêtes de routine du pays sur les virus ont été arrêtées et une troisième a été réduite, ce qui a déconcerté Fraser et de nombreux autres chercheurs, en particulier lorsque ces enquêtes montrent maintenant que les taux d’infection au COVID-19 en Grande-Bretagne sont estimés avoir atteint un niveau record : 1 personne sur 13. Le gouvernement a également cessé de payer les tests gratuits et a annulé ou mis en pause les applications de recherche de contacts et les programmes d’échantillonnage des eaux usées.

« Je ne comprends pas quelle est la stratégie, de mettre en place ces très grands instruments pour ensuite les démanteler », a déclaré M. Fraser.

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Les coupes sont intervenues alors que le Premier ministre Boris Johnson a appelé la Grande-Bretagne à « apprendre à vivre avec ce virus ». Lorsque le gouvernement a publié ses plans en février, il a souligné le succès du programme de vaccination du pays et les coûts élevés des divers programmes de lutte contre le virus. Bien que le gouvernement ait l’intention de réduire la surveillance, il a déclaré : « Le gouvernement continuera à surveiller les cas, en particulier dans les hôpitaux, y compris en utilisant le séquençage génomique, qui permettra de mieux comprendre l’évolution du virus ».

Il est vrai que la vie avec le COVID-19 est différente aujourd’hui de ce qu’elle était au printemps 2020. Les vaccins réduisent considérablement le risque d’hospitalisation et de décès – du moins dans les pays qui ont vacciné suffisamment de personnes. Les pilules antivirales et d’autres traitements peuvent atténuer les ravages du COVID-19, bien qu’ils soient encore rares dans la plupart des pays du monde.

Fournir des tests gratuits et mener des enquêtes à grande échelle est coûteux, reconnaît Barrett, et après deux ans, il est logique que les pays cherchent des moyens de réduire les dépenses. « Je comprends que c’est une position délicate pour les gouvernements », a-t-il déclaré.

Mais il craint qu’en réduisant trop la surveillance génomique, la Grande-Bretagne ne soit pas préparée à une nouvelle variante. « Il ne faut pas être aveugle à ce sujet », a-t-il déclaré.

Avec une réduction des tests, Steven Paterson, généticien à l’Université de Liverpool, a souligné que la Grande-Bretagne aura moins de virus à séquencer. Il a estimé que la production de séquençage pourrait chuter de 80 %.

« Quel que soit le point de vue adopté, cela conduira à une dégradation des connaissances que nous pouvons avoir, soit sur le nombre d’infections, soit sur notre capacité à repérer les nouvelles variantes au fur et à mesure qu’elles apparaissent », a déclaré Paterson.

Les experts ont prévenu qu’il sera difficile de relancer les programmes de surveillance du coronavirus, connu officiellement sous le nom de SARS-CoV-2, lorsqu’une nouvelle variante apparaîtra.

« S’il y a une chose que nous savons sur le SRAS-CoV-2, c’est qu’il nous surprend toujours », a déclaré Paul Elliott, chercheur en santé publique à l’Imperial College de Londres et chercheur principal de l’une des enquêtes communautaires en cours de coupure. « Les choses peuvent changer très, très rapidement ».

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